Для обновления VCard в Empathy откройте меню "Правка" и выберите пункт "Личная информация". Появится окно, показанное на втором скриншоте. Для изменения доступен только ник (поле "Прозвище") и аватар. Правки вступают в силу сразу, поэтому после редактирования VCard просто закройте это окно.